抗战胜利后，应原吴淞商船专科学校校友的要求和社会各界的呼吁，国民政府教育部决定在上海恢复吴淞商船学校，定校名为国立吴淞商船专科学校，1946年10月14日正式开学。至此，吴淞商船学校经三度停办后终于在上海再次复校。1949年5月25日，上海解放。6月22日上海市军事管制委员会接管学校。1950年3月改由上海市军事管制委员会所属的航运处和中央人民政府交通部领导。学校回到了人民怀抱，我国的高等航海教育得到了改造、新生和稳定发展。
1945年8月15日，中国人民经过八年的浴血奋战，终于取得了抗日战争的伟大胜利，抗战期间迁入内地的大专院校纷纷复校，而1 943年并入重庆交通大学的国立重庆商船专科学校师生也于1945年11月迁回上海。吴淞商船学校为我国最早的一所培养商船高级技术人才的专门学校，影响甚广，迟迟未得复校一事引起社会各界的极大关注。原吴淞商船学校校友和航运各界人士均纷纷呼吁复校，以加速国内航运人才的培养。据此，国民政府教育部终于在1946年2月决定恢复吴淞商船学校，定名为国立吴淞商船专科学校，同时组成复校筹备委员会筹备复校事宜。复校筹备委员会由交通部航政司司长高廷梓、招商局理事长刘鸿生、德侨管理委员会主任委员、原交通部吴淞商船专科学校校长杨志雄、招商局总经理徐学禹、民生公司总经理卢作孚、招商局船埠修建工程委员会主任委员、原吴淞商船专科学校校长伍大名、汉口航政局局长王洸、教育部高等教育司司长周鸿柱，以及周均时、韦焕章、吴茂荪等人组成，以周均时为校长。
1946年2月，周均时任国立吴淞商船专科学校校长后，即来沪进行筹备复校事宜，并在上海乍浦路439号设立筹备处。在杨志雄等人士和有关方面的帮助下，租得东长治路505号前雷士德工学院为校舍，于8月1日迁入办公并招生。根据教育部的决定，原国立重庆商船专科学校并人重庆交通大学的三科仍由交大办理，其中驾驶、轮机两科办到各在校生毕业为止，本年招收的新生计驾驶、轮机两科各40名划归吴淞商船专科学校。复校准备工作直到同年10月初始告结束，10月14日，国立吴淞商船专科学校在雷士德工学院旧址正式开学。在复校筹委会的努力下，经历八年抗日战争的磨难和锤炼的吴淞商船专科学校的旗帜又飘扬在上海黄浦江畔。复校后的国立吴淞商船专科学校，以“教授应用科学，养成航海技术人才”为宗旨。在系科设置上，较之重庆时期减少了造船科，设航海、轮机二科，并增设了先修班。1948年秋，为满足当时航业界的发展和需要，又增设了高级短期电讯科及补习班。航海、轮机两科学制为五年，其中在校修业三年，上船或进厂实习两年。先修班为航海、轮机两科之预备班，学习年限为一年，高级短期电讯科及补习班，学习年限也是一年。
这一时期，学生人数也较之重庆时期有很大发展。1946年复校之初，航海科学生189人，轮机科171人，先修班52人，总数达412人，其中包括上海交大驾驶、轮机两专修科划归本校的新生80人。后由于成绩不及格及志趣改变等原因，部分学生离校，故学生数有所减少。到1949年5月，在校学生共有356人，其中，航海科150人，轮机科115人，电讯科46人，补习班45人。吴淞商船专科学校复校后的课程设置，较之重庆时期亦有所变化。
航海科，一年级共设12门课程，计42学分，以基础课为主；二年级共设11门课程，计40学分，以专业课程为主；三年级共设11门课程，计38学分，专业课程比重比二年级更大。三年总计120学分。
轮机科，一年级也以基础课为主，共设12门课程，计44学分；二年级共设11门课程，计38学分，以专业基础课为主；三年级共设13门课程，计38学分，以专业课程为主。三年共计为120学分。
高级短期电讯科在一年学制中，共设10门课程，计34学分，上学期以专业基础课为主，下学期以专业课为主。在教学活动方面，学校十分重视实践教学环节，尽可能利用一切条件和手段加强学生实践能力与专业技能的训练。三科学生在修业时间里，每学期都安排一定时间实习实践课，航海科以操艇等海上训练为主，轮机科主要通过工厂实习来加强学生车、铣、刨、钻、钳以及铸工等方面的技艺训练，电讯科以收报、发报训练及赴电台实习为主。各种实习均配有相应的实习教师。
为使学生练就适应海上艰苦工作的强健体魂，学校对体育课的教学与各种体育活动的开展极为重视。除每周两小时体育课外，并由教练、助教各一人指导学生各种球类活动，游泳池于每日下午三时至五时，供全校学生分组分期前往练习游泳。体育课被列为必修课，不及格者不得毕业。
来源：吴淞商船专科学校同学会编《吴淞商船专科学校校史》