鸦片战争后，我国备受帝国主义列强的侵略，导致航政主权的旁落。在自主兴办航运事业和培养高级航海技术人才的呼声中,1909年,上海高等实业学堂遂有船政科的设立,开创了中国近代高等航海教育。
在中国近代史上，较早明确提出进行航海教育的是张謇,1903年(光绪29年)，张謇参加日本劝业博览会期间，详细考察了日本的航海及渔业情况后认为，“一国渔业和航政的范围到哪里，就是国家的航海主权在那里”，而“维护领海主权，要先造就航政人才，大则可以建设海军，小则可以驾驶商船”。基于当时爱国实业界人士的这一思想，商部上海高等实业学堂(前身为南洋公学)。于1906年曾计划将学校办为四科，“一商业科、二航海科、三轮机科、四电机科”。“本学堂各学科程度，中学预科四年毕业，考验合格升高等预科。高等预科四年毕业，考验合格升本科。其升人本科商业、轮机、电机者三年毕业;升人航海者在堂授课二年后再上商轮实习一年毕业。”但在同年，清政府改商部为农工商部，增设邮传部主管全国“路、轮、邮、电四政”的交通邮电事业，招商、电报两局也由邮传部管辖。时因学校的经费由招商、电报两局提供，学校于光绪33年(1907年)春改隶邮传部并易名邮传部上海高等实业学堂。同年秋，唐文治接任该学堂监督之后，学校始走向工业专科学校的道路。
唐文治接任邮传部上海高等实业学堂监督后，重新制定了学校的办学宗旨和各种规章，严令执行，学堂面貌为之一新。学堂宗旨在于“造就专门人才，尤以学成致用振兴全国实业为主，并极意注重中文以保存国粹”要求“自小学以至中院，自中院以至上院专科，所有中西文课本皆定预算，各使循序渐进，先后联络一气，无联等、无重复，碑成完全教育.各职员规条以本身作则为宗旨，各学生规条专以敦崇品行为宗旨，务本而勿庸逐末，治表而益以近里，为此实行数年，庶几体用并备之士出乎其中。”由此，唐文治还调整了系科设置，改铁路工程班为铁路专科，学制三年;又停办了历时只有一年的商务专科;此后，又设立了电机专科。这样，就使学校的办学方向转向以培养工程技术方面的实业人才为主。
按照唐文治的设想，高等实业学堂在条件成熟时，继续扩大办学规模，争取把学校办成工科大学。但是，邮传部当时却拟发展航海贸易，急于开办商船学校培养航海人才，并打算将上海高等实业学堂“改为商船学校，原设路、电两科移往唐山。”由于这一计划改变了上海高等实业学堂的办学方向，因而遭到学校师生的反对。当时，唐文治虽然以为中国“航权旁落，巫需广植人才，以图挽救。”但对路、电两科移校唐山却不能接受，虑及学校终属邮传部管辖，经费亦赖邮传部所属的招商、电报两局提供，兴办航海教育责无旁贷。于是，迭经协商，终于采取了一条折中的办法，即在不改变学校工科性质的同时，添设一个航海专科(即船政科)，作为将来另设商船学校的准备。宣统元年(1909年)七月，选本学堂中院毕业生及路电初年学生并招考外生增设船政科，在本校附近所购丝厂旧屋开学.船政科遂由此诞生，是为近代中国航海教育之滥筋。
船政科学制四年，其中在堂授课三年，上船实习一年。在课程设置方面注重中文保存国粹，设有人伦道德、中国文学两门课，并各以每周两个小时的课时量，贯穿于整个三年的课程之中，由此可以看出学校对于“国粹”和对学生的德育教养的重视。同时学校又十分重视培养和训练学生的实际操作能力，设有各国通语旗法、灿航运用术、帆缆运用术、泳水术、炮术学，以及兵式体操、炮术实习、航海实习等实践课。至1911年，其课程设置及课时分配如表:
以上课程，以三年为率，第四年赴招商局轮船实习
1909年，船政科设立之初，专业教员仅有吴其藻一人，且兼科主任。第二年学校充实了师资力量，聘英国人奥斯汀到校执教。同时，学校还为船政科发展长远之计，补资自费留英学生刘曾撰改习船政，以便将来学成致用。
当时，尽管教育界人士大力提倡航海教育，但由于风气闭塞，视听狭隘，大部分社会人士对此不甚了解，至于一般百姓就更对之莫明。因而学校当局便先从高等实业学堂中院毕业生及路电初学生中，遴选其品学兼优、体魄强健、视力佳良者，由唐文治亲自圈定，直接人船政科深造。至1910年下学期，船政科有学生两届共29人，其中船政二班有学生13名，船政三班有学生16名，名单如下:
船政科的诞生，使中国航海教育走向自己培养高级航海人才的道路，为挽回航权、改变中国海河船舶尽操洋人之手的局面迈出第一步，在中国航海教育及航运史上都具有十分重要的意义。
来源：《吴淞商船专科学校校史》，作者 ：吴淞商船专科学校同学会 , 1996.07